حضرت بقیه الله - ارواحنا فداه - هنگامی كه به تاسیس مسجد مقدس ‍ جمكران فرمان داد، كیفیت نماز مسجد جمكران را به شرح زیر بیان فرمود:

1 - دو ركعت نماز به نیت نماز تحیت مسجد، در هر ركعت بعد از حمد، سوره قل هو الله احد هفت مرتبه ، ذكر ركوع و سجده هر كدام هفت مرتبه .

2 - سپس دو ركعت به نیت امام زمان علیه السلام ، در هر ركعت بعد از حمد، قل هو الله احد یكمرتبه ، ذكر ركوع و سجده هر كدام هفت مرتبه .

در ركعت اول و دوم آیه ایاك نعبد و ایاك نستعین صد مرتبه تكرار می شود.

3 - بعد از نماز: لا اله الا الله یكمرتبه ، سپس تسبیح حضرت فاطمه زهرا - سلام الله علیها - (الله اكبر 34، الحمدلله 33 و سبحان الله 33 مرتبه ).

4 - اللهم صل علی محمد و آل محمد یكصد مرتبه در حال سجده .